Ao utilizar os endpoints da API, preciso me preocupar com a atualização e a criação de dados que já foram enviados previamente para a api de sincronização?

Não, a API de sincronização da Lecupon entende que se você tentar criar um usuário que já está cadastrado na base de dados, nós iremos atualizar os dados caso alguma coisa tenha sido alterada, ou seja, é uma chamada que cria um novo registro ou atualiza o registro caso o CPF já exista na base. Outro cenário é - caso você tente criar um CPF que já existe na base, porém está como inativo, o sistema irá automaticamente ativá-lo e atualizá-lo, portanto, na maioria das vezes utilizar a API de criação e remoção é o suficiente para cobrir todos os cenários necessários